当事人协商过程中达成的补偿协议是解决压覆矿床合法化的必经程序，亦是解决双方补偿纠纷的依据。  
     实践中压覆矿权补偿协议一般有两种情形：一是双方签订了压覆矿权补偿协议，并对补偿数额和支付方式进行了明确约定；二是双方签订了压覆矿权补偿协议，但双方对补偿数额未达成一致。
     第一种情形，如压覆方违反压覆矿权协议约定，被压覆矿权的一方可以要求压覆方履行压覆矿权补偿协议的约定内容，第一种情形处理起来一般争议不大，实践中，也有压覆方提出解除压覆矿权补偿协议或要求确认压覆矿权无效的案例。 
     第二种情形，如双方对确定压覆矿权补偿数额的方式不能达成一致，如被压覆方应及时依法启动相关法律程序，因探矿权、采矿权财产价值的确定以及其他财产的价值的确定涉及非常专业的问题，应申请办案机关依法进行鉴定，根据鉴定意见和被压覆人提交的因矿床压覆导致的其他各项措失所提交的证据，依法确定应予支付补偿的范围以及补偿的金额。