根据《探矿权采矿权招标拍卖挂牌管理办法（试行）》的规定，自然资源行政主管机关在矿业权招标出让中应当承担以下职责：
1、将确定的拟招标区块或矿区范围、招标时间和投标人的资质条件要求，在《国土资源报》上发布公告；
2、委托评估机构对矿业权进行评估，经依法确定的评估结果可以作为确定标底的依据；
3、源行政主管机关可以根据矿业权的情况，以矿业权价款、资金投入或其他指标设定单项或综合标底；
4、自然资源行政主管机关应当对矿业权评估价值、招标标底严格保密；
5、自然资源行政主管机关组织评标，依法组建评标委员会，采取择优的原则确定中标人。